Energietransfer bei erzwungener Interkalation. Neue Hochleistungssonden für die in vitro und in vivo Echtzeit-Nucleins?ure-Detektion

Der Einbau eines Fluorophors als künstliche Base in Nucleins?uremoleküle er?ffnet die M?glichkeit, DNA oder DNA-Analoga mit neuen Funktionen auszustatten. In diesem Projekt werden Intercalator-Fluorophore an Positionen verankert, an welche diese normalerweise nicht binden würden. Durch diesen Modus der erzwungenen Interkalation erwirbt eine Sonde einen zus?tzlichen Mechanismus zur Unterscheidung zwischen matched von single mismatched DNA. So kann der Fluorophor selbst die Integrit?t von Basenpaarungen erfassen. Für praktische Anwendungen liefert die Hybridisierung bisher verfügbarer basendiskriminierender Sonden zu geringe Fluoreszenzanstiege. In diesem Projekt werden neue künstliche Cyaninbasen in PNA entwickelt. Es ist das Ziel, Energie-Transfer-Prozesse ausgehend von und zwischen mehreren erzwungen interkalierten Cyaninen auszul?sen. Hauptansatzpunkt ist es, Cyaninen in nicht gebundenen Sonden zus?tzliche L?schkan?le zu verschaffen, um so die Ansprechempfindlichkeit der Sonden gegenüber matched Hybridisierung zu erh?hen. Zus?tzlich werden Konstrukte hergestellt, bei denen die Gegenwart eines Basenfehlpaars zur Bildung von asymmetrischen Cyanindimeren führt. Die Methoden sollen neben Anwendungen in der qPCR vor allem die Detektion von viraler RNA in lebenden Zellen erm?glichen.